بناي مسجد خانم که به دوره قاجاريه تعلق دارد در محله قديمي فخيم الدوله زنجان قرار گرفته است . اين مسجد که فاقد گنبد و داراي 2 مناره بسيار زيبا است در سال 1323 هجري قمري و به خواست يکي از زنان مقتدر ايران بنام جميله خانم دختر حسين قلي خان نطام العداله ( ذوالفقاري ) ساخته شد . بناي مسجد مشتمل بر سردر ورودي با دو مناره کوتاه ، صحن ، شبستان تابستاني و زمستاني ، حجره هاي متعدد و تزيينات کاشي‌ کاري و گچ‌ بري است . مناره هاي قطور و کوتاه با تزيين آجر کاشي و محرابي زيبا با تزيينات پر کار کاشي معقلي در صحن شبستان ستون دار ، از ويژگي هاي خاص اين بنا است . تزيينات روي ايوان ها و مناره ها به سبک دوره قاجار و بيش تر با استفاده از رنگ هاي زرد ، سياه ، فيروزه اي و سفيد انجام شده است . اخيراً بر روي اين بناي مهم تاريخي مرمت ها و تعميراتي صورت گرفته است.
مسجد خانم توسط استاد اسماعيل بنا گرديده است .
مسجد و مدرسه خانم مي تواند جايگاه خاص و منحصر بفردي را داشته باشد ، در ميان آثار تاريخي بر جاي مانده در کشور ما ، اين برتري از يک سو از نقطه نظر سبک معماري و شيوه و تکنيک تزئيني مي باشد که به بهترين شکلي گوياي معماري دوره قاجار است .
مسله ديگر که شاخص اين مسجد و مدرسه مي تواند باشد اين است که ساخت مساجد و مدارس و بعضا بناهاي عام المنفعه از سوي بانوان متدين و مقتدر در طول تاريخ جامعه ما سابقه اي بس طولاني دارد ، اين امر بر ارزش و اعتبار و جايگاه وي‍ه اين بناي مذهبي بيش از پيش افزوده است .
براي مثال مي توان مدرسه مادر شاه يا مدرسه چهار باغ اصفهان را ذکر کرد که به دستور مادر شاه سلطان حسين صفوي به تاريخ 1114 ساخته شده است که با گذشت بيش از چهار قرن همچنان اعتبار و پويايي خود را در عرصه فرهنگ و معماري حفظ کرده ، همچنين بناي مسجد با شکوه گوهر شاد در مشهد که به درخواست همسر شاهرخ تيموري بنا شده ، و نمونه هاي ديگر که بيانگر حضور و نفوذ گسترده و مقتدرانه زنان ما در عرصه جامعه از دوار و از منه قديم بوده تا کنون .
همچنين به موجب وقفنامه آن که در 22 محرم الحرام سال 1326 هجري قمري تنظيم گرديده ، اين بانوي مجلله که قبل از اتمام و انجام ساخت بنا وفات نمود و دختر خود به نام قمر تاج خانم را بعنوان اولين و نخستين متولي آنجا برگزيد .
ميانسراي مسجد خانم هشت ضلعي مي باشد که در ضلعهاي شرقي ، غربي و شمالي آن 12 حجره براي سکونت طلاب علوم ديني ساخته شده است .