اين‌ آرامگاه‌ در شمال‌ آرامگاه‌ امامزاده‌ محمد (ع‌) در شهر بسطام‌ ، شش کيلومتري شاهرود در مجموعه اي مشتمل بر يک مسجد و چند مزار و بنا قرار دارد . آرامگاه ا‌ين‌ عارف‌ بزرگ ‌، بسيار ساده‌ و فاقد هر گونه‌ تزئين‌ است و به نظر مي ‌‌رسد هيچگاه ساختماني مشابه مقبره ديگر بزرگان روي آن بنا نشده باشد و در حقيقت بي اعتنايي به ماديات و گريز از تجمل در اين آرامگاه به وضوح به چشم مي ‌آيد . وارستگي و بي نيازي بايزيد بسطامي حتي بعد از مرگ وي و گذشت يازده قرن ، در مرقدش مشهود است . مقبره بايزيد بسطامي داري يک پنجره مسقف آهني است . بر روي‌ قبر شيخ‌ يک‌ سنگ‌ مرمر قرار دارد که‌ جملاتي ‌از مناجات‌ مشهور علي‌ بن‌ ابي‌طالب‌ (ع‌) بر آن‌ حک‌ شده‌ است . آن طور که از اين سنگ بر مي‌آيد ؛ متعلق به شخصي به نام قاضي ملک مي ‌‌باشد که احتمال مي ‌رود حاکم قومس بوده باشد ، ولي اينکه چگونه از اينجا سر در آورده کسي چيزي نمي‌ داند .

با فاصله اندکي از آن مزاري برجي شکل با گنبد رُک وجود دارد که به امامزاده محمد ، فرزند امام جعفر صادق عليه السّلام ، منسوب است و گفته مي شود که امام او را براي راهنمايي مردم ، همراه بايزيد به بسطام فرستاده بود . به قولي ، او پيش از درگذشت بايزيد فوت کرد و در محل کنوني به خاک سپرده شد .

مقدسي در قرن چهارم ، ضمن اشاره به شهر بسطام به عنوان شهري آبد ، از مسجد جامع سخن به ميان آورده اما به مزار امامزاده محمد يا مزار بايزيد بسطامي اشاره اي نکرده است . ناصر خسرو نيز که در سفر از نيشابور به دامغان ، از اين شهر عبور کرده ، گفته است که تربت شيخ بايزيد بسطامي را زيارت نموده ، اما به مزار امامزاده محمد اشاره نکرده است ؛ در حالي که ميان مزار بايزيد و آرامگاهي که به امامزاده محمد نسبت داده شده ، تنها چند متر فاصله است . به گفته اعتماد السلطنه ، مزار امامزاده محمد بن جعفر در روستاي چهارده کلاته در گرگان است . حمداللّه مستوفي ، در اشاره به بسطام ، تنها از مزار سلطان العارفين ابو يزيد طيفور بن عيسي سروشان ياد کرده است . از اينرو مزار بايزيد بسطامي يکي از قديم ترين آثار برجاي مانده در اين مجموعه به شمار مي آيد . البته روي مقبره بايزيد سنگي است متعلق به آرامگاه قاضي ملک که احتمالاً از حکام ايالت قومس بوده است . مي توان حدس زد اين سنگ بعدها روي مقبره بايزيد قرار داده شده باشد .

مسجدي کوچک در بخش جنوب شرقي مجموعه و فضايي در کنار آن وجود دارد که آن را متعلق به قرن دوم يا اوايل قرن سوم دانسته اند . در قسمت غربي آرامگاه بايزيد ، دو اتاق کوچک متصل به يکديگر وجود دارد ؛ اولي به ابعاد 2x5 متر و دومي به ابعاد 2x 2 متر که صومعه يا خانقاه بايزيد ،خوانده مي شود . در هريک از اين اتاق ها ، آثار گچبري زيبايي وجود دارد . در اطراف محرابِ اتاق اولي کتيبه اي با اين مضمون وجود دارد :
« بسم اللّه الرحمن الرحيم . اقم الصلوه طَرَفي النهار و زُلَفاً من الليل ان الحسنات يذهبن السيئات ذلک ذکري للذاکرين و اصبر فان الله لايضيع اجرالمحسنين » و مقابل محراب روزن کوچکي است که بالاي آن کتيبه اي ديده مي شود که متصدي عمليات ساختماني زيارتگاه و ساير ابنيه را شخصي به نام محمّدبن حسين ابن ابيطالب دامغاني مهندس معرفي مي کند .

در بالاي در ورودي اتاق دوم نوشته شده است : « امر بعماره هذه الصومعه الشَريفه المُبارکه الکَريمه افخم الکفات ... في سنه اثني و سبعمأئه » ( مخلصي ، ص 220 ) . محمد بن حسين ابي طالب ، که از او با عنوان مهندس بنا ياد شده است ، در 702 متصدي بازسازي يا احداث بخشي از خانقاه بوده است .

مسجد بايزيد و مناره مجاور آن از ديگر آثار بسيار قديمي اين مجموعه اند . اين مسجد شامل دو شبستان است که شبستان بزرگتر به شبستان مردانه و شبستان کوچکتر به شبستان زنانه مشهور است . فضاي موسوم به شبستان زنانه ، مسجدي است از دوره ايلخانيان ( اواخر قرن هشتم ) که فضاي هشتي مجاور آن در همين دوره يا اندکي بعد احداث شده است . روي يکي از ديوار هاي مسجد نقوشي هست با تاريخ 514 . خانيکوف به محرابي اشاره مي کند که تاريخ 660 داشته ، ولي اينک اثري از آن باقي نمانده است . فريزِر که در ربع نخست سده نوزدهم ميلادي ( اوايل قرن سيزدهم ) اين مجموعه را ديده ، به کتيبه اي با تاريخ 699 در مسجد اشاره کرده است . بعلاوه ، همو طرحي از اين مجموعه ترسيم کرده که براساس آن سقف اين مسجد گنبدي شکل بوده است ؛ در حالي که سقف موجود اين فضا مسطح و تيرپوش است و براساس کتيبه مورخ 1255 به فرمان فتحعلي شاه قاجار ساخته شده است . با توجه به اين طرح ، کاوش براي رديابي آثاري از سقف گنبدي شکل نخستين آغاز شد و در 1363 ش کتيبه اي با تاريخ 699 کشف شد که براساس آن ، اين مسجد در زمان ايلخانيان مرمت و فضاي گنبددار مسجد بايزيد توسط محمد بن حسين تزيين شده است . در اين کتيبه به غازان خان و الجايتو اشاره شده است همچنين آثاري به دست آمد که نشان مي داد سقف پيشين مسجد بايزيد گنبدي شکل بوده است .

در جنوب ايوان ورودي ، در نزديک مدرسه شاهرخيه و در شرقي ترين بخش مجموعه ، مزاري وجود دارد که به علاء الدين محمد آخرين شاهزاده غوري ، منسوب است و تاريخ احداث آن را در حدود 612 دانسته اند .

در غرب امامزاده محمد بن جعفر ، مزاري هست که بدرستي معلوم نيست به چه کسي تعلق دارد . اين مزار در اواخر قرن هفتم ساخته شده است . بناي مزارِ منسوب به محمد بن جعفر به اوايل قرن هشتم تعلق دارد که در قرن دهم مرمت شده و کتيبه اي سنگي با اين متن در آن قرار داده شده است :
« بشرف توفيق تعمير مزار فايض الانوار امامزاده مشرف شده بنده کمترين بندگان شاه عالم پناه امير غيث استاجلو سنه 968 » .
در سفر خود به بسطام و زيارت مزار بايزيد ، به مزار امامزاده محمد بن جعفر نيز اشاره کرده و گفته است که مقبره بايزيد با آرامگاه امامزاده زير يک قبه قرار داشته اند . اين نکته با توجه به شواهد و اسناد موجود درست به نظر نمي رسد .

پيش طاق و دالان ورودي جبهه غربي مجموعه در زمان الجايتو ساخته شده و در کتيبه اي که در يکي از حاشيه هاي گچبري سردر ورودي و دالان فوق وجود دارد ، نام الجايتو و تاريخ 713 درج شده است . ايوان واقع در غرب صحن مجموعه نيز اندکي پس از ايوان شرقي و در قرن هشتم ساخته شد . فضاي مجاور ايوان غربي که به سرايدار مجموعه اختصاص يافته ، تاريخ ندارد .

مقبره مشهور به مقبره غازان خان در اواخر قرن هفتم يا اوايل قرن هشتم ساخته شده است . اين بنا داراي گنبد رُک و از لحاظ معماري از نوع مقابر برجي شکل است . برخي ، احداث اين گنبد و همچنين گنبد مزار امامزاده جعفر را به غازان خان نسبت داده اند ، در حاليکه اعتماد السلطنه احداث گنبد منسوب به غازان خان را به سلطان محمد الجايتو نسبت داده است . گفته شده است که گنبد اخير را غازان خان به عنوان آرامگاه بايزيد احداث کرده و قصد داشته است جسد شيخ را به آنجا انتقال دهد ، اما به سبب ديدن بايزيد در خواب يا مخالفت برخي از فقها ، از تغيير مکان آرامگاه خودداري کرده است . به احتمالي ضعيف ، چنين هدفي وجود داشته است ؛ زيرا اگر غير از اين بود ، از همان زمان مي توانستند بناي برجي شکل را بر روي مقبره بسازند مگر اينکه بگوييم علت عدم احداث آن روي مقبره شايد به دليل بدنما شدن دو گنبد در کنار يکديگر بوده است .

قسمتي از فضايي که به آن شربت خانه گفته مي شود به قرن چهارم تعلق دارد . ايوان جنوبي ( کنار مزار امامزاده ) نيز در قرن دهم تعمير شده است . تاريخ رواق ( پوشش سقف ) فضاي جلو مسجد بايزيد معلوم نيست ، اما براساس کتيبه موجود در آن در 1242 ، در زمان فتحعلي شاه قاجار ، اقداماتي در آن صورت گرفته است . ديوار اين مسجد در جبهه واقع در زير اين سقف داراي نماسازي است که با توجه به اين موضوع و نيز درنظر گرفتن جايگاه استقرار اين فضا نسبت به فضا هاي سه جبهه آن ، احتمالاً نخست ، به عنوان فضايي باز براي مسجد استفاده مي شده است . آخرين اثر تاريخي اين مجموعه ، مقبره اي از شاهزاده اي افغاني به نام اعظم خان است که در اواخر قرن سيزدهم ساخته شده است .

مجموعه آرامگاه بايزيد بسطامي را مي توان جزو آن گروه از مجموعه هاي آرامگاهي بزرگ با طرح نامنظم دانست که قديم ترين آثار آن به قرن هاي سوم تا پنجم تعلق دارند ، اما بيشترين قسمت هاي آن در دوره ايلخانيان و پس از آن ساخته شده است . اين مجموعه در مرکز شهر بسطام و در مجاورت مسجد جامع و مدرسه شاهرخيه قرار داشته است و اکنون نيز مهم ترين اثر تاريخي اين شهر به شمار مي آيد .