بناي تاريخي مذهبي مسجد کبود از آثار ارزشمند دوره قراقويونلو مي باشد که به دستور جهانشاه که شهر تبريز را پايتخت خود قرار داده بود و به سرکاري عزالدين قاپوچي بنا گرديده و با استناد به کتيبه برجسته سر درب به سال 870 ه .ق ساختمان آن به اتمام رسيده است .
سلطنت جهانشاه از سال 839 ه .ق آغاز و تا 872 ه .ق ادامه داشت که وي به دست اوزون حسن از طايفه آق قويونلو کشته شد و بساط اقتدار حکومتي وي که از آسياي صغير تا خليج فارس و هرات و ماوراالنهر گسترده شده بود برچيده شد . بناي اصلي در مقام مسجد مقبره ، داراي صحن وسيعي بوده که در آن مجموعه اي از ساختمان ها از جمله مدرسه و حمام و خانقاه و کتابخانه و . . . ساخته شده بود که متأسفانه آثاري از آنها به جا نمانده است .
 
خصوصيت بارز و شهرت وافر مسجد کبود با معماري ويژه تلفيقي و اعجاب انگيز آن بيشتر به خاطر کاشيکاري معرق و تلفيق آجر و کاشي ، اجراي نقوش پرکار و در حد اعجاز آن مي باشد ، که زينت بخش سطوح داخلي و خارجي بنا بوده است . در متن کتيبه برجسته سر درب باشکوه و پر نقش و نگار آن ، عمارت مظفريه و نيز نام نعمت الله بن محمد البواب ، خطاط و احتمالا طراح نقوش که از هنرمندان برجسته خوشنويسي آذربايجان بوده ،درج شده است .
چنين تصور مي شود که ساختمان مسجد کبود به مثابه يادمان از پيروزي هاي جهانشاه برپا گرديده است به طوري که در اين خصوص مي توان به سوره « فتح » که بصورت کامل و به شکل برجسته ، زينت بخش دور تا دور بالاي شبستان بزرگ مي باشد اشاره نمود . نام جهانشاه در کتيبه بالاي درب ورودي نقش بسته که قبلا روکش طلايي داشته است .
مسجد کبود داراي دو مناره باريک و بلند در منتهي اليه شرق و غرب ضلع شمالي بوده است ، در پشت درب ورودي به شبستان بزرگ ، يک بيت شعر فارسي به خط ثلث نوشته شده بدين مضمون  :
کردار بيار و گرد گفتار مگرد             چون کرده شود ، کار بگويد که که کرد
 
شبستان بزرگ را از سه طرف رواق ها در بر گرفته و بر بالاي آن گنبد دو پوشي به قطر تقريبي 17 متر قرارگرفته است . شبستان کوچک که در حکم مکاني خصوصي و مقبره سلطنتي در نظر گرفته شده بود ، در سمت جنوب بنا واقع شده و با قطعات سنگ مرمر ازاره بندي شده بود که آيات قرآني به خط زيباي ثلث و به صورت برجسته زينت بخش قسمت فوقاني سنگ ها است .
کاشيکاري آن صرفا " به رنگ لاجوردي و عمدتا " از قطعات شش ضلعي کار شده بود و تمام سطح سقف آن زرنگار ( نقاشي با آب طلا ) و کف شبستان ها به احتمال قوي مرمرين بوده است . نقش و نگار نقاشي معرق مسجد شامل گره بندي هاي هندسي ، گل و بوته اسليمي و ختايي و کتيبه هاي مختلف که مجموعا حکايت از زيبايي خارق العاده اي داشته است .
 
آرامگاه جهانشاه و نزديکان وي در انتهاي شبستان کوچک در داخل سرداب بوده است . زلزله مهيب سال 1193 ه .ق باعث ويراني شهر تبريز و کشته شدن عده زيادي از مردم آن گشته و از مسجد کبود بجز سر درب و چندين جرز پايه بر جا نمي گذارد و در فاصله بين سال هاي پس از زلزله تا شروع مرمت ، درب ورودي اصلي و قطعات مرمرين و .... به تاراج مي رود .
 
مسجد کبود در سال 1310 ه .ش در فهرست آثاري ملي به ثبت رسيد و بيشترين مرمت آن تا سال 1343 انجام پذيرفته و در فاصله سال هاي 54_1352 بازسازي شده است .
گنبدهاي بالاي شبستان ها به همت مرحوم اسماعيل ديباج و دفتر فني حفاظت آثار باستاني و به دست تواناي معمار شهير و فقيد آذربايجان ، استاد رضا معماران جامه عمل پوشيد . اينک کار محوطه سازي و باز يافت نقس و نگار کتيبه هاي داخل مسجد در دست اجرا است .