معبد مهر که بايد آن را در رديف يکي از نخستين سکونتگاه‌ ها و معابد بشر پيش از تاريخ محسوب کرد از تاريخ ناگفته مراغه حکايت دارد . اين معبد در زير يک گورستان تاريخي قرار دارد و با خاک ‌برداري ، بخش ‌هايي از آن  ، خود را نمايان کرده ، اما همچنان بخش عمده ‌اي ازآن در زير خاک قرار دارد .

معبد "مهر" نيايشگاه زيرزميني و محل پرستش خورشيد و برگزاري آيين مهرپرستي در جنوب روستاي ورجوي مراغه به صورت زيرزميني و صخره‌اي بنا شده است . پيروان آيين مهر ، آن را با تراشيدن قطعه سنگي عظيم از جنس شيست با دهانه ‌اي به عرض 5/4 متر به وجود آورده ‌اند . اين بنا را از نظر حجم کار و دقت هنرمنداني که در امر حجاري آن دخيل بوده اند مي‌توان جزء نمونه ‌هاي ارزنده ستايشگاه‌ هاي کهن دانست .

مراغه شهري که روزگاري مرکز اسکان تمدن هاي بزرگ انساني بوده و اکنون فراموش شده ميراث داران ايشان است . براي آشنايي با تاريخ مراغه نمي ‌توان از آثار بسيار کهن مهرابه هاي مراغه به سادگي گذشت . مهرابه ‌ها نيايشگاه‌ هاي مهر پرستان در دنياي باستان بوده است  . مهر پرستي ديني ايراني بوده که پرستش خورشيد از اجزاي اصلي آن به شمار مي ‌رفته است . ديني که از ايران در دوره ‌اي نيز به اروپاي غربي رخنه کرد . اما اکنون از مهرابه‌ هاي کهن در اين شهر تنها معبد مهرو معابد ( غارهاي ) اطراف رصد خانه مراغه به يادگار مانده است و بس  . گر چه اکنون از معبد مهر جز نامي و نشاني ديگر چيزي باقي نمانده ؛ اما کماکان نشان از تاريخچه بسيار غني اين سرزمين تاريخي دارد . مهر يا ميترا خدايي بوده که پرستش او در غرب تا شمال انگلستان و در شرق تا هند ، هزاران سال رواج داشته است و هنوز هم مورد احترام زرتشتيان است . پيروان مهر او را فرشته مهر و دوستي و عهد و پيمان و مظهر فروغ و روشنايي مي ‌پنداشته ‌اند . آنها بر اين عقيده بودند که مهر در غاري متولد شده است از اين‌ رو هر جا غاري مي ‌يافتند ، در آن به پرستش و نيايش مهر مي ‌پرداختند و آن مکان را « مهرابه » مي‌ گفتند .

اين معبد به عنوان يکي از کامل ترين پرستشگاه‌ هاي تاريخي ايران  ، در دوره اسلامي يعني زماني که ايلخانيان بر ايران پارسي حکومت مي‌ کردند دستخوش تغييراتي شد تا نشانه‌ هايي از اسلام اکنون بر تن اين معبد به يادگار بماند و صد البته اين نشانه‌ ها اکنون به دليل اهمال مسوولان امر با تيشه و چکش غارتگران ميراث ايراني بيشتر آشنا هستند تا ضربه مرمت استادکاران آثار تاريخي براي حفظ اين يادگار کهن ايراني .

يافته ‌هاي باستان شناسي وجود تمدن اوراتور ها و ماد در آذربايجان بزرگ که مراغه جزيي لاينفک از آن است را به اثبات رسانيده و اينک « مهر » اين معبد ناشناخته و پنهان مانده از انظار مردم و مسوولان که نخستين داده ‌ها نشانگر پيش از تاريخ بودن اين معبد مي‌ باشد ، مي ‌تواند با بررسي ‌هاي مجدد ديرينه شناختي و اتنومولوژي وجود تاريخ و شکل گيري نخستين تمدن‌ هاي بشري در آتروپاتکان را هزاران سال به گذشته باز گرداند .

معبد مهر ، ‌گويا استوانه‌اي است که تاريخ در دورن آن دوران داشته و اکنون با زبان بي ‌زباني روايتگر نخستين سکونتگاه ‌هايي است که در فلات ايران شکل گرفته ‌اند . جاي جاي کلنگ ‌هايي باقي مانده بر روي سنگ ‌ها ، محراب ‌ها و امامزاده ‌اي که به روايت تصاوير تا 70 سال پيش موجود بوده و اکنون به يمن جهالت به ميراث پدري  ، از بين رفته است . آيات حکاکي شده قرآن بر روي سنگ‌ و تنها کلمه " الله " که به حرمت قداستش از تخريب بازمانده ، اکنون تاريخ را برايمان بازگو کرده و روايت ظلم و جوري را که بر آثار تاريخي [مراغه] سايه افکنده ، با زبان بي زباني روايت مي‌ کنند . آن‌ ها مي‌ خواهند فرياد بزنند که مغولان سا‌ختند و شما ويران کرديد !
اطراف اين معبد در دوره اسلامي به عنوان گورستان مورد استفاده مردم محلي قرار گرفته و در خود معبد مقبره ملامعصوم مراغه‌اي از علماي معروف قرن ???? هجري قمري قرار دارد .
دکتر پرويز ورجاوند  ، باستان شناسي که اين معبد را در سال ? ?????شناسايي کرده  ، معتقد بوده اين مکان براساس شواهدي که در پلان آن وجود دارد قابل مقايسه با معابد مهري ايتاليا و داراي سبک معماري معابد ميترائيسم است .
اگرچه قرابت سبک معماري معبد مهر ورجوي مراغه با معابد مهري ايتاليا و معابد دوره ميترائيسم اثبات نشده اما اين بنا به عنوان يکي از قديمي ‌ترين بناهاي تاريخي ملي کشور شناخته شده و به ‌عنوان يکي از جاذبه ‌هاي غني گردشگري منطقه مطرح است .